MEPAn päätöksenteko perustuu merimiespalvelulakiin. Ylintä päätösvaltaa käyttää edustajisto, joka kokoontuu kerran vuodessa ja hyväksyy toimintasuunnitelman, talousarvion, tilinpäätöksen ja toimintakertomuksen.
Hallitus kokoontuu säännöllisesti ohjaamaan toimiston työtä ja valvomaan toimintasuunnitelman toteutumista.
Työ- ja elinkeinoministeriö nimeää edustajiston ja hallituksen jäsenet, sekä varajäsenet, jotka edustavat työmarkkinaosapuolia.
Edustajiston ja hallituksen puheenjohtajakaudet ovat kaksivuotisia. Hallituksen ja edustajiston kaudet kestävät neljä vuotta.
1.1.2025 alkaen
Lena Marcus, henkilöstöjohtaja
Varajäsen: Anna-Karin Axell, yhtiöjuristi
Jutta Seppänen, Senior Legal Counsel
Varajäsen: Mikko Rausti, henkilöstöpäällikkö
Hanne Hinders, henkilöstöpäällikkö
Varajäsen: Stella Wallenius, merihenkilöstöpäällikkö
Maria Heikel, henkilöstöpäällikkö
Varajäsen: Heikki Leikkonen, miehityspäällikkö
Miehistön edustajat
Taru Hakala, laivaluottamusmies
Varajäsen: Mikko Ervast, pääluottamusmies
Tero Palokoski, pääluottamusmies
Varajäsen: Marko Laine, pääluottamusmies
Kansipäällystön edustaja
Heidi Tauriainen, Merikapteeni
Varajäsen: Dan Stenbäck, Merikapteeni
Konepäällystön edustaja
Paavo Leviäkangas, sähkömestari
Varajäsen: Jari Simpura, konepäällikkö
1.1.2025 alkaen
Maija Mattila, työmarkkinajuristi (puheenjohtaja)
Varajäsen: Susanna Siljander, henkilöstöjohtaja
Jessica Troberg, henkilöstöjohtaja
Varajäsen: Eveliina Kontio, työmarkkinajuristi
Joachim Alatalo, SMU puheenjohtaja (varapuheenjohtaja)
Varajäsen: Heikki Karla, liittosihteeri
Kalle Honka, merikapteeni (2026 ja 2028)
Varajäsen: Ville-Pekka Lehtelä, merikapteeni
Harri Piispanen, konemestari (2025 ja 2027)
Varajäsen: Riku Muurinen, toiminnanjohtaja
Hannu Suihkonen, pääsihteeri, Merimieskirkko